Harcama Kalemleri, İlave İndirim, Personel Teşvikleri ve Sipariş Ar-Ge

Ar-Ge merkezi belgesi alan şirketler, teşviklerin büyük kısmını Ar-Ge indirimi ve personel teşvikleri üzerinden kullanır. Ancak bu teşviklerin tutarı, hangi harcamanın indirime konu edileceğine ve personel ücretlerinin nasıl hesaplanacağına bağlıdır. Mevzuat bu konularda oldukça ayrıntılı kurallar koyar ve küçük hesaplama farkları yıllık bazda büyük tutarlara dönüşür.

Bu yazıda Ar-Ge merkezlerinde teşvik tutarını doğrudan belirleyen konuları, 5746 sayılı Kanun ve uygulama tebliği hükümleriyle birlikte ele alıyoruz:

• Ar-Ge indiriminin mali etkisi ve hangi harcamaların indirime konu edileceği
• Genel giderlerde Ar-Ge merkezine özgü dağıtım kuralları
• İlave Ar-Ge indirimi
• Personel teşvikleri ve merkez dışında geçirilen süreler
• Siparişe dayalı Ar-Ge projelerinde indirimin paylaşımı
• Gümrük ve damga vergisi istisnaları, YMM tasdiki ve diğer yükümlülükler

Ar-Ge merkezi olmanın genel avantajlarını daha önceki yazımızda anlatmıştık. Burada yalnızca hesaplama ve uygulamaya odaklanıyoruz.

1. Ar-Ge İndirimi: Harcama Hem Gider Yazılır Hem İndirilir

5746 sayılı Kanun’un 3. maddesine göre Ar-Ge merkezlerinde yapılan Ar-Ge ve yenilik harcamalarının tamamı kurum kazancının tespitinde indirim konusu yapılır.

Bu teşvikin asıl gücü, kanunun bir sonraki cümlesindedir. Aynı harcamalar ayrıca Vergi Usul Kanunu’na göre aktifleştirilip amortisman yoluyla itfa edilir. Bir iktisadi kıymet oluşmuyorsa doğrudan gider yazılır. Yani harcama bir kez gider olarak, bir kez de Ar-Ge indirimi olarak matrahtan düşülür.

Aktifleştirilen harcamalarda gider etkisi amortisman süresine yayılır. Ar-Ge indirimi ise harcamanın yapıldığı yılda kullanılır.

Kazancın yetersiz olması nedeniyle kullanılamayan indirim kaybolmaz. Sonraki yıllara devreder ve her yıl yeniden değerleme oranında artırılarak kullanılır. Bu nedenle zarar eden veya kârı düşük bir Ar-Ge merkezinin de harcamalarını doğru sınıflandırması önemlidir. Devreden tutar, ileride kâra geçildiğinde değeri korunmuş bir vergi avantajına dönüşür.

Hangi harcamalar indirime konu edilir?

5746 sayılı Kanun Genel Tebliği indirime konu harcamaları gruplar halinde sayar. Her grubun uygulamada dikkat edilmesi gereken bir sınırı vardır:

• İlk madde ve malzeme: Yalnızca Ar-Ge projesinde fiilen kullanılan kısım indirime konu edilir. Satın alınıp henüz kullanılmayan malzeme stok hesaplarında izlenmelidir.
• Amortismanlar: Münhasıran Ar-Ge’ye tahsis edilen varlıkların amortismanının tamamı indirilir. Başka işlerde de kullanılan makinelerde amortisman, Ar-Ge’de kullanıldığı gün sayısına göre hesaplanır.
• Personel giderleri: Ar-Ge personelinin gelir vergisi stopajı teşvikine konu edilen ücretleridir. Destek personelinin ücretleri, tam zaman eşdeğer Ar-Ge personeli sayısının %10’unu aşmamak üzere bu kapsama girer. Kısmi çalışmada, personelin Ar-Ge’ye ayırdığı zamanın oranı dikkate alınır.
• Genel giderler: Ar-Ge merkezinin kira, su, enerji, bakım-onarım, haberleşme ve nakliye gibi giderleridir. Dağıtım kuralları aşağıda ayrıca ele alınmıştır.
• Dışarıdan sağlanan hizmetler: Test, laboratuvar, analiz, mesleki ve teknik destek ile danışmanlık hizmetleridir. Bu hizmetlere ilişkin harcamalar, proje kapsamındaki toplam harcamanın %50’sini geçemez.
• Vergi, resim ve harçlar: Doğrudan Ar-Ge faaliyetiyle ilgili olan ve gider yazılabilen vergi, resim ve harçlardır.

2. Genel Giderler: Ar-Ge Merkezinde Kural Farklıdır

Teknopark şirketlerinde ortak genel giderler, istisna faaliyetlerine maliyet oranında dağıtılır. Ar-Ge merkezlerinde ise kural çok daha dardır ve bu fark uygulamada sık gözden kaçar.

Tebliğe göre Ar-Ge merkezinde genel gider olarak dikkate alınabilecek giderler, münhasıran Ar-Ge merkezi olarak kullanılan yerlere ilişkin giderler ile faaliyetle doğrudan ilgili diğer giderlerdir. Kira veya amortisman, su ve enerji giderleri dışında, ortak genel işletme giderlerinden çeşitli kıstaslarla pay verilemez. Muhasebe, insan kaynakları, genel yönetim ve hukuk gibi giderler bu yüzden Ar-Ge indirimine konu edilemez.

Ar-Ge merkezi, şirketin başka faaliyetlerinin de yürütüldüğü bir binada yer alıyorsa, tebliğ dağıtılabilecek giderler için kıstasları da belirler:

• Kira ve amortisman: Ar-Ge merkezinin metrekaresinin binanın toplam metrekaresine oranına göre
• Enerji: Sayaçla ayrıştırılabiliyorsa sayaç verisine göre, ayrıştırılamıyorsa metrekare oranına göre
• Su: Sayaçla ayrıştırılamıyorsa merkezde çalışan personelin binadaki toplam personele oranına göre

Bir örnekle bakalım. Şirketin binası 4.000 m², Ar-Ge merkezi bu binanın 1.000 m²’sini kullanıyor. Binada 200 kişi çalışıyor, bunların 50’si Ar-Ge merkezinde. Ayrı sayaç yok.

Genel yönetim giderlerinden de %25 pay verilseydi, 1,5 milyon TL fazla indirim kullanılmış olurdu. İncelemede bu tutar 375.000 TL kurumlar vergisi farkına, üzerine vergi ziyaı cezası ve gecikme faizine dönüşür. Teknoparkta da faaliyeti olan şirketlerin, iki yapının farklı kurallarını aynı muhasebe sistemi içinde ayrı uygulaması gerekir.

3. İlave Ar-Ge İndirimi

Kanun, Ar-Ge merkezlerine harcama artışı üzerinden ek bir indirim imkânı daha tanır. 6652 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı’na göre aşağıdaki göstergelerden en az birinde bir önceki yıla göre %20 artış sağlayan Ar-Ge merkezleri, Ar-Ge harcamalarındaki artış tutarının %50’sini ilave olarak indirebilir:

• Ar-Ge harcamalarının toplam ciro içindeki payı
• Tescil edilen ulusal veya uluslararası patent sayısı
• Uluslararası destekli proje sayısı
• Lisansüstü derecesi olan araştırmacıların toplam Ar-Ge personeline oranı
• Araştırmacıların toplam Ar-Ge personeline oranı
• Ar-Ge faaliyetinden çıkan yeni ürünlerin satışlarının toplam ciroya oranı

Tasarım merkezleri için de aynı mantıkta, tasarımcı oranlarına dayalı göstergeler uygulanır.

Örnek: Eşiğin hemen altında kalmak

Bir Ar-Ge merkezinin 2025 yılında Ar-Ge harcaması 10 milyon TL, cirosu 80 milyon TL olsun. Harcamanın ciroya oranı %12,5’tir. Şirketin 2026 cirosu 85 milyon TL olarak gerçekleşecek. Diğer göstergelerde artış yok.

Harcamadaki 500.000 TL’lik fark, 375.000 TL’lik vergi avantajının kazanılıp kaybedilmesine yol açıyor. Bu yüzden göstergelerin yıl sonundan önce ölçülmesi önemlidir. Planlanan bir ekipman alımı, proje harcaması veya patent tescili sonucu değiştirebilir.

Ciroya oran göstergesinde dikkat edilmesi gereken bir nokta var. Ciro hızlı büyüyorsa, Ar-Ge harcaması artsa bile oran düşebilir. Büyüyen şirketlerde personel oranı, patent veya uluslararası proje göstergeleri daha ulaşılabilir olabilir.

Uygulamada bilinmesi gerekenler:

• Yıllık değerlendirilir: Göstergeler yıllık bazda ölçülür. İdarenin bir özelgesinde, ilave indirimin geçici vergi dönemlerinde uygulanmayacağı yönünde görüş verilmiştir.
• Personel oranlarında yıl içi hareketler: İdarenin bir özelgesine göre yıl içinde işe giren ve ayrılan personel de oran hesabına dahil edilir.
• Başvuru gerekmez: Koşulların sağlanması yeterlidir. Ancak göstergelerdeki artış belgelenmeli ve hesaplama dosyada saklanmalıdır.

4. Personel Teşvikleri ve Merkez Dışında Geçirilen Süreler

Gelir vergisi stopajı teşviki

Ar-Ge personelinin ücretleri üzerinden hesaplanan gelir vergisinin bir kısmı, muhtasar beyanname üzerinden terkin edilir. Teşvik, asgari ücret istisnasına isabet eden vergi düşüldükten sonra kalan vergi üzerinden, personelin eğitim durumuna göre şu oranlarda uygulanır:

Teşvik, brüt ücretin o ayın brüt asgari ücretinin 40 katını aşmayan kısmına uygulanır. 2026 için bu sınır aylık 1.321.200 TL’dir. Haftalık 45 saati aşan çalışmalar ve fazla mesai ücretleri teşvik dışındadır. Hafta tatili, yıllık izin ve resmi tatillere isabet eden ücretler ise teşvik kapsamındadır.

Bu tablo işe alım planlamasında da kullanılabilir. Aynı ücretle çalışan iki personelden yüksek lisanslı olanın teşvik oranı lisanslı olana göre 10 puan yüksektir. Personelin çalışırken yüksek lisans veya doktorasını tamamlaması da teşvik oranını artırır. Bu durumda yeni oranın uygulanabilmesi için bordro sistemindeki bilginin zamanında güncellenmesi gerekir.

SGK, damga vergisi ve desteklenecek programlar

• SGK işveren hissesi: Ar-Ge ve destek personelinin ücretleri üzerinden hesaplanan sigorta primi işveren hissesinin yarısı Hazine ve Maliye Bakanlığı bütçesinden karşılanır. Kanunda bu destek için personel bazında bir süre sınırı yoktur.
• Damga vergisi: Ar-Ge faaliyetlerine ilişkin kâğıtlar damga vergisinden istisnadır. Ücretler bakımından istisna, brüt asgari ücretin 40 katını aşmayan tutara uygulanır.
• Desteklenecek programlar desteği: Matematik, fizik, kimya, biyoloji ve Bakanlıkça belirlenen diğer programlardan en az lisans mezunu Ar-Ge personeli için, aylık brüt asgari ücret kadarlık kısım iki yıl süreyle Bakanlık bütçesinden karşılanır. Ayrıntıları bu yazımızda ele almıştık.

Merkez dışında geçirilen süreler

Kanuna göre personelin merkez dışında geçirdiği süreler, toplam personel sayısının veya teşvike konu toplam çalışma süresinin %20’sini aşmamak kaydıyla gelir vergisi stopajı teşviki kapsamındadır. Cumhurbaşkanı bu oranı %100’e kadar artırabilir.

2026 yılı için 10766 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile bu oran:

• Mahiyeti Bakanlıkça belirlenen bilişim personeli için %100,
• Diğer personel için %75

olarak uygulanıyor. Oranlar her yıl Cumhurbaşkanı kararıyla belirlendiği için 2027 yılına ilişkin kararın takip edilmesi gerekir.

Kanunda bunların dışında üç özel durum daha düzenlenmiştir:

• Zorunlu dış faaliyetler: Projenin bir kısmının merkez dışında yürütülmesi zorunluysa, merkez yönetiminin onayı alınması ve Bakanlığın bilgilendirilmesi kaydıyla bu süreler teşvik kapsamındadır.
• Lisansüstü eğitim: Yüksek lisans yapan personelin bir buçuk yılı, doktora yapan personelin iki yılı geçmemek üzere merkez dışında geçirdiği süreler teşvikten yararlanabilir.
• Ders ve mentorluk: Doktoralı personelin üniversitelerde Ar-Ge alanında ders vermesi veya personelin teknoparktaki girişimcilere mentorluk yapması, haftalık 8 saati aşmamak kaydıyla teşvik kapsamındadır.

Merkez dışında geçirilen ve teşvik kapsamında değerlendirilen sürelere ait ücretler, Ar-Ge indirimine de konu edilir. Bu yüzden merkez dışı sürelerin kaydı yalnızca bordroyu değil, yıllık Ar-Ge indirimini de etkiler.

5. Siparişe Dayalı Ar-Ge: İndirim Kimde Kalır?

Ar-Ge merkezleri, başka şirketler için sözleşmeye dayalı olarak Ar-Ge projesi yürütebilir ve bu projelerde de teşviklerden yararlanabilir. Ancak kanun, bu durumda Ar-Ge indirimini iki taraf arasında paylaştırır:

• Harcamaların %50’si Ar-Ge merkezi tarafından,
• Kalan %50’si siparişi veren gelir veya kurumlar vergisi mükellefi tarafından indirilebilir.

Siparişi verenin Türkiye’de gelir veya kurumlar vergisi mükellefiyeti yoksa, örneğin yurt dışındaki bir müşteri ise, harcamanın tamamı Ar-Ge merkezi tarafından indirilebilir. Sipariş veren taraf ise Ar-Ge indirimi ve sözleşmeye ilişkin damga vergisi istisnası dışındaki teşviklerden yararlanamaz.

Bu kural fiyatlamayı doğrudan etkiler. 4 milyon TL harcamalı bir sipariş projesinde, Türkiye’deki bir müşteri için Ar-Ge merkezinin kullanabileceği indirim 2 milyon TL’dir. Aynı proje yurt dışındaki bir müşteri için yürütülürse indirim 4 milyon TL olur. Aradaki fark, %25 vergi oranıyla 500.000 TL’lik bir vergi avantajıdır. Sipariş sözleşmeleri hazırlanırken indirimin paylaşımı ve buna ilişkin belgeleme sözleşmede açıkça yer almalıdır.

6. Gümrük ve Damga Vergisi İstisnaları

Kanun kapsamında yürütülen Ar-Ge projeleriyle ilgili araştırmalarda kullanılmak üzere ithal edilen eşya, gümrük vergisi ve her türlü fondan müstesnadır. Bu kapsamda düzenlenen kâğıtlar ve yapılan işlemler de damga vergisi ve harçtan istisnadır.

Bu istisna, laboratuvar ekipmanı, test cihazı veya prototip malzemesi ithal eden Ar-Ge merkezleri için önemli bir maliyet avantajıdır. İstisnadan yararlanmak için ithal edilen eşyanın Ar-Ge projesinde kullanılacağının belgelenmesi gerekir. Projede kullanılmayan veya başka amaçla kullanılan eşya için istisna geçerli olmaz.

7. YMM Tasdiki ve Diğer Yükümlülükler

30 Aralık 2025 tarihli Resmî Gazete’de yayımlanan 49 Sıra No.lu SMMM ve YMM Kanunu Genel Tebliği ile Ar-Ge ve tasarım indirimi YMM tasdikine bağlandı. 2025 hesap döneminden itibaren:

• Beyannamede ayrı satırı bulunan istisna veya indirimlerden herhangi biri 000 TL’yi aşarsa,
• Birden fazla istisna ve indirimin toplamı 000.000 TL’yi aşarsa (bu durumda tamamı),

YMM tasdik raporu düzenlenmesi gerekir. Rapor beyanname ile birlikte veya beyanname süresinin bitiminden itibaren iki ay içinde sunulur. İlave Ar-Ge indirimi de beyannamede Ar-Ge indirimiyle birlikte gösterildiği için bu tutarların hesabına dahil edilmelidir.

Ar-Ge indirimi tutarı yüksek olan şirketlerde bir yükümlülük daha vardır. Teknopark kazanç istisnası ile Ar-Ge indiriminin toplamı 5 milyon TL ve üzerindeyse, bu tutarın %3’ü girişim sermayesi yatırımı olarak değerlendirilmelidir.

Son olarak, Ar-Ge merkezi belgesinin korunması için mevzuattaki asgari tam zaman eşdeğer Ar-Ge personeli sayısının sürekli sağlanması gerekir. Bakanlığa bildirilen personel bilgileri, bordro ve SGK kayıtları ile birebir uyumlu olmalıdır. Denetimlerde en sık sorun çıkan alan, bu üç kaynak arasındaki farklardır.

Sıkça Sorulan Sorular

Muhasebe ve insan kaynakları departmanının giderlerinden Ar-Ge merkezine pay verebilir miyiz?

Hayır. Tebliğe göre kira veya amortisman, su ve enerji giderleri dışında, ortak genel işletme giderlerinden çeşitli kıstaslarla pay verilerek Ar-Ge indirimi hesaplanamaz.

Bir üniversiteden aldığımız test ve analiz hizmetinin tamamını indirebilir miyiz?

Dışarıdan sağlanan hizmetler Ar-Ge indirimine konu edilebilir. Ancak bu hizmetlere ilişkin harcamalar, proje kapsamında yapılan toplam harcamanın %50’sini geçemez.

Bu yıl zarar ettik. Ar-Ge indirimimiz yanar mı?

Hayır. Kazancın yetersiz olması nedeniyle kullanılamayan indirim sonraki yıllara devreder ve her yıl yeniden değerleme oranında artırılarak kullanılır.

Yurt dışındaki bir müşteri için sipariş Ar-Ge projesi yürütüyoruz. İndirimin ne kadarını kullanabiliriz?

Sipariş verenin Türkiye’de gelir veya kurumlar vergisi mükellefiyeti yoksa, harcamaların tamamını Ar-Ge merkezi olarak indirebilirsiniz.

Alkaze ile Ar-Ge Merkezi Teşvik Hesaplaması

Ar-Ge merkezi teşviklerinin doğru hesaplanması; proje yönetimi, bordro, muhasebe ve vergi bilgisinin aynı masada değerlendirilmesini gerektirir. Alkaze olarak Ar-Ge merkezi danışmanlığını ve 5746 sayılı Kanun kapsamındaki vergi danışmanlığını birlikte yürütüyoruz.

Ar-Ge indirimi hesaplamasının gözden geçirilmesi, ilave indirim göstergelerinin ölçülmesi veya sipariş Ar-Ge sözleşmelerinin vergisel yapısı için ekibimizle iletişime geçebilirsiniz.

Bu yazı genel bilgilendirme amacıyla hazırlanmıştır ve Ekim 2026 itibarıyla yürürlükteki düzenlemeleri yansıtır. Şirketinize özgü durumlar için uzman görüşü alınmalıdır.